Здравствуйте.
Должен. Транспортный налог - это отдельный налог от налога на имущество.
Цитата:К региональным налогам относятся:1) налог на имущество организаций;2) налог на игорный бизнес;3) транспортный налог
(ст. 14 НК РФ)
В ст. 346.26 НК РФ освобождения от транспортного налога при применении ЕНВД не предусмотрено.
Цитата:4. Уплата организациями единого налога предусматривает ихосвобождение от обязанности по уплате налога на прибыль организаций(в отношении прибыли, полученной от предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом),налога на имущество организаций(в отношении имущества, используемого для ведения предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом, за исключением объектов недвижимого имущества, налоговая база по которым определяется как их кадастровая стоимость в соответствии с настоящим Кодексом).Уплата индивидуальными предпринимателями единого налога предусматривает их освобождениеот обязанности по уплате налога на доходы физических лиц(в отношении доходов, полученных от предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом),налога на имущество физических лиц(в отношении имущества, используемого для осуществления предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом).Организации и индивидуальные предприниматели, являющиеся налогоплательщиками единого налога, непризнаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость(в отношении операций, признаваемых объектами налогообложения в соответствии с главой 21 настоящего Кодекса, осуществляемых в рамках предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом), за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексом при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией.Исчисление и уплата иных налогов и сборов, не указанных в настоящем пункте, осуществляются налогоплательщиками в соответствии с иными режимами налогообложения.